संस्कृत संस्थान में अति महत्वपूर्ण प्राचीन ताड़पत्र, भोजपत्र सहित 8000 हस्तलिखित ग्रन्थ संरक्षित है। संस्थान कार्यालय भवन के वृहद भाग में संस्कृत ग्रन्थों के एक पुस्तकालय की स्थापना की गयी है, जिसमें संस्कृत के लगभग 21,000 मुद्रित तथा 8,000 संस्कृत के हस्तलिखित ग्रन्थ हैं।